Resumen: Las enfermedades complejas comunes probablemente están influenciadas por la interacción de cientos, o incluso miles, de variantes genéticas. La evidencia convergente muestra que las variantes genéticas con bajos efectos marginales (LME) juegan un papel importante en el desarrollo de la enfermedad. A pesar de su importancia potencial, descubrir variantes genéticas de LME y evaluar su asociación articular en datos de alta dimensión (por ejemplo, estudios de asociación de genoma) sigue siendo un gran desafío. Para facilitar el análisis de la asociación conjunta entre un gran conjunto de variantes genéticas LME, propusimos un enfoque computacionalmente eficiente y poderoso, que llamamos árboles que ensamblan Mann Whitney (TAMW). A través de estudios de simulación y una aplicación de datos empíricos, encontramos que TAMW superó a la reducción de dimensionalidad multifactorial (MDR) y el enfoque de Mann Whitney basado en la relación de probabilidad (LRMW) cuando la enfermedad compleja subyacente involucra múltiples loci LME y sus interacciones. Por ejemplo, en una simulación con 20 loci LME que interactúan, TAMW alcanzó una potencia más alta (potencia = 0.931) que MDR (potencia = 0.599) y LRMW (potencia = 0.704). En un estudio empírico de 29 loci de enfermedad de Crohn conocido (CD), TAMW también identificó una asociación articular más fuerte con CD que las detectadas por MDR y LRMW. Finalmente, aplicamos TAMW a Wellcome Trust CD GWAS para realizar un análisis de todo el genoma. El análisis de los polimorfismos de un solo nucleótido 459K se completó en 40 horas usando la computación paralela, y reveló una asociación conjunta que predispone a CD (valor p = 2.763E-19). Un análisis posterior de la asociación recién descubierta sugirió que 13 genes, como ATG16L1 y LACC1, pueden desempeñar un papel importante en los procesos fisiopatológicos y etiológicos de CD.
Publicado Originalme en export.arxiv.org El 17 de agosto de 2025.
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